L’ambiente computazionale integra workstation scientifiche dedicate con l’accesso a risorse esterne e cloud scalabili. Un ecosistema software selezionato supporta chimica quantistica, dinamica molecolare, modellistica dei materiali, analisi dei dati e workflow riproducibili in tutte le fasi dei progetti.
Risorse computazionali locali configurate per calcoli scientifici ad alta intensità e simulazioni molecolari.
Procedure di calcolo parallelo per la chimica quantistica, la modellistica molecolare e l’analisi dei dati scientifici.
Protocolli predisposti per l’accelerazione GPU e l’esecuzione scalabile su infrastrutture esterne o cloud, quando necessario.
Gestione strutturata dei file di input, delle traiettorie, dei risultati e delle copie di sicurezza lungo l’intero ciclo di vita del progetto.
Metodi ab-initio per lo studio delle proprietà molecolari, della reattività, della spettroscopia e dei meccanismi di reazione.
ORCA · Gaussian · TURBOMOLE · xTB · CREST
Piattaforme per simulazioni classiche e campionamento avanzato, analisi conformazionale, interazioni molecolari e processi dinamici.
GROMACS · LAMMPS · NAMD
Strumenti per calcoli periodici di struttura elettronica e simulazioni atomistiche di superfici, interfacce e sistemi allo stato solido.
VASP · Quantum ESPRESSO · VESTA
Workflow riproducibili in Python per l’analisi scientifica, la visualizzazione e l’impiego di machine-learning a supporto dell’interpretazione.
Python · Jupyter · NumPy · SciPy · pandas · Matplotlib · scikit-learn
Strumenti per la costruzione molecolare, la preparazione delle strutture, l’ispezione delle traiettorie e l’analisi grafica.
VMD · Avogadro · Jmol
Pipeline basate su script che integrano preparazione dei sistemi, calcolo, analisi e produzione della documentazione scientifica.
Bash · Conda/Mamba · ASE · MDAnalysis · MDTraj · pymatgen · RDKit
Definiamo la domanda scientifica, gli obiettivi del progetto e i principali requisiti computazionali.
Individuiamo i metodi computazionali, gli strumenti software e le risorse di calcolo più appropriati.
Eseguiamo workflow ottimizzati su CPU e GPU e, quando necessario, li estendiamo a infrastrutture esterne o cloud.
Analizziamo i risultati, produciamo visualizzazioni scientifiche e predisponiamo relazioni chiare e riproducibili.
Ambienti computazionali dedicati e gestiti con continuità a supporto di progetti di modellistica molecolare e dei materiali.
Metodi di struttura elettronica, simulazione molecolare, analisi dei dati e visualizzazione integrati in funzione del problema scientifico.
Metodologie trasparenti, procedure di validazione e gestione strutturata dei dati favoriscono risultati affidabili e riproducibili.
Valutiamo il problema scientifico e individuiamo metodi, strumenti e risorse adeguati agli obiettivi del progetto.